Die Weser ist ein Strom (großer Meereszufluss) und in ganzer Länge Bundeswasserstraße. In Hann. Münden vereinigen sich Werra und Fulda zur Weser. Sie durchfließt Hessen, Nordrhein-Westfalen, Niedersachsen und Bremen, teilweise als Grenzfluss zwischen diesen Bundesländern.

In Hann. Münden ist der Nullpunkt der Binnengewässerkilometrierung der Weser. Der Wasserspiegel liegt bei 116,5 m ü. NN. Als Oberweser fließt sie im Oberen Wesertal bis zur Porta Westfalica durch das Weserbergland.

Am Nordrand von Minden wird die Weser vom Mittellandkanal überquert. Ab diesem Wasserstraßenkreuz wird sie nach der Definition des Wasser-und Schifffahrtsamtes als Mittelweser bezeichnet. Hydrografisch endet die Mittelweser am Hemelinger Weserwehr in Bremen-Hastedt bei Weser-km 362,3 und einem Wasserspiegel von 4,5 m ü. NN oberhalb des Wehres.

Der Flussabschnitt vom Hemelinger Weserwehr bis zur Mündung in die Nordsee unterliegt den Gezeiten und wird Unterweser genannt. Die Kilometrierung der Binnenwasserstraße reicht jedoch in den Tidenbereich der Unterweser bis 50 m unterhalb der Wilhelm-Kaisen-Brücke. Der Tidenhub in Bremen ist durch die Weserkorrektion und nachfolgende Maßnahmen von 0,73 m auf etwa 4 m gestiegen (Niedrigwasser um 1 m ü. NN, Hochwasser um 5 m ü. NN).

Die Unterweser fließt zunächst durch Bremen, dann durch Niedersachsen. In Bremerhaven, bei Unterweser-km 65, endet die Unterweser und beginnt die innere Außenweser.

Außenweser wird die Fortsetzung des in Südost-Nordwest-Richtung verlaufenden Mündungstrichters (Ästuar) der Weser im Wattenmeer der Nordsee genannt. Die Außenweser durchschneidet den Nationalpark Niedersächsisches Wattenmeer. Zwei hintereinander in der Außenweser gelegene Wattflächen, Robbenplate und Tegeler Plate, teilen sie in zwei Arme: Wurster Arm / Tegler Rinne im Nordosten und Fedderwarder Fahrwasser / Hohewegrinne im Südwesten. Heutzutage wird nur noch dieser westliche Arm als Fahrwasser genutzt.